Чтобы ограничить распространение инфекции организм включает один из защитных механизмов и слущивает пораженные клетки поверхностного слоя эпителия слизистой. Поэтому в анализе мочи при цистите появляются клетки эпителия в большом количестве.

Основным методом лечения бактериального цистита является антибиотикотерапия. Однако, из-за появления штаммов уропатогенных бактерий, устойчивых к применяемым антибиотикам, эффективность данного метода не всегда является высокой. Кроме того, патогенные микроорганизмы могут внедриться в базальный слой уротелия, который недосягаем для действия антибиотика или иммунной системы животного, и создать там резервуар инфекции, который будет вновь и вновь вызывать воспалительный процесс. И это еще одна причина, из-за которой цистит нередко принимает хроническое течение, а антибиотикотерапия не всегда приносит желаемый эффект при его лечении.